生化处理工艺由于环保安全、成本低而备受欢迎。特别是基本不产生二次污染，可降低成本运行成本。
在污水处理中根据处理的水质水量情况选择对应的处理工艺，根据处理工艺和处理要求，投加微生物菌种，一般来说经过前其微生物培养、驯化后，加以维护，生化系统可长期运行。简单地说微生物菌剂不需要长期投加，只需要在前期启动阶段及后期的维护或出现异常需加强处理时添加。在维护阶段可通过观察生化池表观的异常进行对应的工艺调整及维护。
在生化处理中可向活性污泥或微生物填料中投加微生物菌剂，用哪种菌剂主要看看是要处理哪些指标。
降解氨氮的可以投加硝化细菌，它可在好氧池中将氨氮转化为硝酸盐和亚硝酸盐氮。
去除总氮的可用反硝化细菌，在厌氧阶段进行反硝化反应，产生氮气。
降解COD的采用COD降解菌
去除磷酸盐的则使用聚磷菌
具体投加量则根据生化池的容积大小和水质水量情况进行计算。
