硝化菌与反硝化菌不同，它属于自养型微生物，不需要碳源，主要用于生物脱氮-降解氨氮。硝化菌的驯化需要循序渐进，相对反硝化菌更难。
1.每次增加的进水量应为设计进水量的5-10%。
2.每增加一次应稳定2-3个周期或2天左右。
3.如出现了出水指标一直上升，则应暂停进水，待指标恢复正常后，将进水水量稍微减少或略高于上周期进水量。
4.硝化菌对生长环境要求比较严苛，还应注意对以下指标的调节：
a.温度：硝化系统内温度应维持在5～35℃的范围内，如在冬季低温时启动，则建议采用高氨污水厂的菌种或增加保温、加温措施。
b.溶解氧：溶解氧应该控制在1.5～2.0mg/L内，低于0.5mg/L时硝化反应趋于停止，过高则会活性污泥易于老化，结构松散。
c.pH值：最佳pH值是8.0～8.4，如低于6.5则需要补充碱度。
d.污泥泥龄：污泥泥龄为硝化菌最小世代时间的2倍以上。
e.有毒害物质：重金属、高浓度氨氮、高浓度硝酸盐、络合阳离子、氯离子等有毒害物质需控制其进水标准，以免抑制微生物生长。
f.COD/BOD：在AO系统中，COD含量过高，会促使反硝化菌快速生长，消耗水中溶解氧，抑制硝化菌，为促进硝化菌生长，COD不宜高于20mg/L，而为了防止污泥快速老化，COD含量不宜低于3mg/L。
g.在培养地程中，氨氮浓度高于200mg/L时则会抑制硝化菌生长，建议 进水浓度在150mg/L以下。
此外，对于处理难度大、需快速启动、系统抗冲击能力弱的硝化系统可投加硝化激活菌，或直接请专业人员进行现场调试。
