在自然界中将个体难以用肉眼观察到的一切微小生物统称为微生物，但是有些微生物也是肉眼可见的，比如我们熟悉的灵芝、蘑菇等真菌。在水中的微生物主要有藻类和菌类。在污水处理行业中，物理法、化学法和生物法都是比较常用的方法，其中生物法就是利用微生物新陈代谢功能降解并转化污水中溶解性和胶体状的有机污染物。
污水处理厂常用的微生物法有：活性污泥法、生物膜法、生物接触氧化法、厌氧微生物法。
微生物在水处理中的作用
1.好氧中微生物起指示作用，判断活性污泥的净化能力和运行情况。
2.净化废水，去除水中有机物，COD、TN、TP等。
3.产生絮凝物质，促进活性污泥形成。
微生物的产品包括：反硝化菌剂、硝化菌剂、COD菌剂、低温菌、高温耐盐菌……。为促进微生物水处理作用与之相对应的还有复合碳源、滤池碳源、微生物促生剂、微生物解毒剂、生物载体等，而微生物代谢物酶又可广泛应用于洗涤、饲料、食品、饮料、肉类加工、酿酒、生物柴油、工业乙醇、皮革、纺织等工业生产加工中。