碳源指的是提供碳元素的物质或环境，它是生物体合成有机物质的基础。碳源可以分为两大类：内碳源和外碳源。
内碳源
内碳源通常指的是生物体内储存的碳化合物，例如植物细胞内的糖类、脂肪、蛋白质等。在微生物培养中，如果培养基中的碳源耗尽，而微生物仍然需要继续生长代谢，那么它们可能会利用自身内部储存的有机物质作为碳源。这种情况常见于一些特定的实验条件或自然环境下的微生物生存策略。
外碳源
外碳源指的是来自外部环境中的碳化合物，包括但不限于：
有机碳源：这类碳源包括葡萄糖、蔗糖、淀粉等简单的糖类以及复杂的有机分子如脂肪酸、氨基酸等。这些有机碳源可以直接被许多生物体吸收并用于能量代谢和合成新的生物大分子。
无机碳源：主要是二氧化碳（CO₂），是光合作用植物和一些能够进行CO₂固定的微生物的主要碳源。这些生物能够将CO₂转化为有机物质，并且在此过程中储存能量。
复杂有机物：包括纤维素、木质素等植物残体，以及动物尸体、粪便等。这些物质需要经过分解者（如土壤中的微生物）的作用，才能被进一步分解为简单的小分子有机物，供其他生物使用。
复合碳源：是指在废水处理、微生物培养或农业生产中使用的多种碳源的混合物。通常包含易于微生物利用的简单有机化合物（如葡萄糖、果糖等）以及较复杂的有机物质（如淀粉、纤维素等）。在废水处理中，复合碳源常用于生物脱氮除磷过程，帮助提高处理效率；在微生物培养中，则有助于优化特定菌种的生长条件
在水处理、污水处理以及工业生产中，碳源的选择对于微生物群落的构建及其功能具有重要影响。例如，在生物脱氮过程中，适量的外加碳源可以促进反硝化细菌的活动，从而提高脱氮效率。而在某些工业废水处理中，添加合适的碳源可以帮助微生物降解有毒有害物质。